A apuração de casos envolvendo a Petrobras gerou uma disputa entre a estatal e o Tribunal de Contas da União, responsável pela análise. Marinus Marsico, procurador do TCU, aponta que a Petrobras não informou sobre diversos atos envolvendo a compra da refinaria de Pasadena, nos Estados Unidos, após o pedido de envio dos documentos sobre o caso, em 2012.
O TCU também questionou a obstrução pela empresa da investigação sobre a construção da refinaria Abreu e Lima, em Pernambuco. De acordo com a Petrobras, há um processo de contínua melhoria da relação com órgãos de controle.