A operação Porto Seguro começou com o arrependimento de um funcionário público que recebeu propina, segundo a Folha de S. Paulo. Cyonil da Cunha Borges de Faria Jr., auditor do Tribunal de Contas da União, contou que Paulo Rodrigues Vieira, ex-diretor da Agência Nacional de Águas (ANA), o ofereceu 300 mil reais para fazer um relatório favorável à Tecondi, empresa de contêineres que opera em Santos, segundo relatório da PF obtido pelo jornal. Segundo a PF, Vieira é o principal articulador do esquema de venda de pareceres.
Ainda segundo o jornal, a empresa precisaria do parecer favorável porque o TCU investigava se a Tecondi usava instalações portuárias que não estavam previstas na concorrência inicial da Codesp, feita em 1998.
O auditor do TCU disse que não aceitou a oferta de 300 mil reais, mas mesmo assim lhe deram dois pacotes com 50 mil reais. Nesse parecer, ele defendeu a continuidade das operações da empresa. Arrependido, ele procurou a PF, devolveu o dinheiro e virou delator. Com as informações, a polícia passou a monitorar telefones de Vieira.