Os efeitos adversos graves da vacina contra a febre amarela, embora raros, preocupam as autoridades médicas e de pesquisa dentro e fora do Brasil. Para tentar identificar as causas, pesquisadores da Bio-Manguinhos, da Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz), e da Universidade Rockefeller, dos Estados Unidos, iniciaram uma parceria para estudar fatores individuais para o problema, que pode ter origem genética.
Entre os possíveis efeitos adversos da vacina contra febre amarela, o mais grave é a doença viscerotrópica, que pode causar choque, derrame pleural e abdominal, e falência múltipla dos órgãos.